for seqA in poolA: print seqA + ":", for i in seqA: print complements[i], print
complements - это dict, а poolA - это list.
complements
dict
poolA
list
Когда я print complements[i] между ними есть пробелы, как мне удалить эти пробелы?
print complements[i]
Объедините элементы и напечатайте полученную строку.
print ''.join(str(complements[i]) for i in seqA)
Ну, просто не печатайте их. Используйте либо from __future__ import print_function, а затем print(complements[i], end = ''), либо sys.stdout.write(complements[i]).
from __future__ import print_function
print(complements[i], end = '')
sys.stdout.write(complements[i])