Я не могу найти ничего в cperl-mode, который бы это делал. Попробуйте запустить emacs без настроек:
$ emacs -q
и затем включите режим cperl в буфере scratch :
M-x cperl-mode
Вставьте свой текст; он должен выглядеть как оригинал (то есть все в одной строке). Затем начните настраивать режим cperl:
M-x customize-group<RET>cperl<RET>
установка каждой переменной отдельно для текущего сеанса и попытка вставки между каждой настройкой. Если вы вдруг обнаружите поведение, которое вы видите, у вас есть отправная точка, чтобы посмотреть дальше (это может быть комбинация опций).
Если вы полностью настроили cperl, и он по-прежнему не работает "неправильно", вам нужно начать искать причины, по которым другие пакеты могут его вызывать. Это может занять некоторое время ....