Я бы предпочел не быть носителем плохих новостей, но расширение Safari не может программно изменить свой собственный (а тем более любой другой) файл info.plist. По крайней мере, нет документированного метода API для этого.
Если вы хотите сохранить настройку, использование объекта safari.extension.settings (или объекта .secureSettings) является обычным способом сделать это, но, вероятно, это не то, что вы имели в виду.