Нет, NetBeans не виноват.
Бит classpath означает, что вам нужно сделать запуск Puzzle Puzzle с доступной библиотекой ботов.Это означает, что вы не можете запустить PP и бот в отдельных процессах Java, что, вероятно, произойдет, если вы запустите бот из Netbeans.
Если я правильно понял пример кода, когда вы поместите свой ботимя класса в awt.properties, как показано в примере кода, должно загружаться автоматически при запуске Puzzle Pirates (или любого другого приложения Java).Чтобы разработать бота, вам нужно как-то включить Puzzle Pirates в ваш проект Netbeans и запустить игру, а не тестовое окно.