Если вы делаете веб-проект, то вот структура проекта:
TOMCAT_HOME
-webapps
-YourProject
-WEB_INF
-lib
Теперь в папке lib вы можете иметь все файлы jars, используемые этим проектом.
Добавляя файлыв TOMCAT_HOME/lib
вы делаете JAR-файлы доступными для всех проектов на этом сервере.Я имею в виду весь проект, развернутый на этом коте.