Я не думаю, что это возможно в данный момент.
Rich Hickey упоминает о добавлении поддержки аннотаций в этой теме
https://groups.google.com/group/clojure/browse_thread/thread/d2128e1505c0c117
но, насколько я вижу, это только для deftype / defrecord. Я могу ошибаться, конечно.
Оба эти
(ns genclass.example
(:gen-class ^{:doc "example class"}))
и
(ns genclass.example)
(with-meta
(gen-class
:name genclass.example.ClassA
:methods [[hello [] void]])
{:doc "Example class"})
не удалось собрать для меня. Из исключения
Exception in thread "main" java.lang.IllegalArgumentException: Metadata can only be applied to IMetas (example.clj:4)`
Звучит так, как будто это невозможно.