JS, относящийся к конфигурации, должен быть в config.js
Все файлы, связанные с плагином, идут в плагинах plugins/[plugin_name]/plugin.js
Вам нужно будет добавить их в конфигурацию с помощью extraPlugins config.extraPlugins: 'plugin',
Если вы хотите сделать что-то еще, вы можете просто загрузить другой .js
, например:
<script type="text/javascript" src="ckeditor/ckeditor.js"></script>
<script type="text/javascript" src="customcode.js"></script></code>
в customcode.js, вы можете поместить свою обработку событий и переопределить
CKEDITOR.on( 'instanceReady', function( ev )
{
alert("CKEditor is loaded");
});