Несколько опций:
Опция 1: Вы можете поместить его под своим classpath (в Eclipse поместите его в папку с исходными файлами), чтобы вы могли получить к нему доступ через Classloader: MyClass.class.getResourceAsStream("myproperties.properites")
Обратите внимание, что MyClass также должен находиться в той же исходной папке (на самом деле это немного сложнее, он должен быть в той же иерархии загрузчика классов, но любой класс из той же папки будет выполнять свою работу)
Вариант 2: Поместите его в папку WEB-INF.Это предпочтительный вариант, так как вам не нужно иметь дело с classpath.Вам потребуется ServletContext для доступа к нему: javax.servlet.ServletContext.getResourceAsStream("WEB-INF/myproperties.properites")
В jax-rs вы можете получить ServletContext, используя аннотацию @Context в любом зарегистрированном ресурсе или поставщике.