Да, вы можете. Entity Framework 4.0 и выше поддерживает так называемый объект POCO (Plain Old CLR Object). Они могут существовать совершенно отдельно от проблем вашей базы данных, и при необходимости вы можете прикрепить их к экземпляру Entity Framework Context для сохранения в базе данных.
Аналогичным образом вы можете отсоединить сущности от контекста, получив их из базы данных через тот же контекст, если вы решите манипулировать ими в вашей доменной модели таким образом, что вы не хотите, чтобы они снова сохранялись.
В зависимости от того, выполняете ли вы истинные действия, Code First или Database First определят рабочий процесс разработки, который вы используете для создания этих сущностей.