Я разработал эксперименты такого рода раньше. В моем случае я написал драйвер устройства, который бы - внутри ядра - наблюдал за часами ПК в узком цикле, ожидая, пока он перевернется на новую секунду. Как только это произойдет, я подниму один из выводов на параллельный порт ПК. Затем я подключил этот вывод параллельного порта и выходной сигнал PPS приемника GPS к осциллографу и измерял разницу во времени между двумя импульсами.