запуск R CMD установить с GDB для отладки ошибки Malloc

Question

Я написал некоторый код в виде пакета. Когда я пытаюсь выдать R CMD install mypkg, он выдает такие ошибки, как

* installing to library ‘/Users/USERNAME/R/x86_64-apple-darwin11.0.0-library/2.14’
* installing *source* package ‘mypkg’ ...
** libs
*** arch - x86_64
make: Nothing to be done for `all'.
installing to /Users/USERNAME/R/x86_64-apple-darwin11.0.0-library/2.14/mypkg/libs/x86_64
** R
** preparing package for lazy loading
** help
Warning: /Users/USERNAME/temp/mypkg/man/mypkg-package.Rd:31: All text must be in a section
Warning: /Users/USERNAME/temp/mypkg/man/mypkg-package.Rd:32: All text must be in a section
*** installing help indices
** building package indices ...
** testing if installed package can be loaded
R(57533) malloc: *** error for object 0x1110005e0: pointer being freed was not allocated
*** set a breakpoint in malloc_error_break to debug
sh: line 1: 57533 Abort trap: 6           '/opt/local/lib/R/bin/R' --no-save --slave < /var/folders/2f/kxqs800n6rq09nrm8_t637g40000gr/T//Rtmp6McNDz/filee0b91bc7fa41
ERROR: loading failed
* removing ‘/Users/USERNAME/R/x86_64-apple-darwin11.0.0-library/2.14/mypkg’

Чтобы понять это, я попытался запустить R CMD с gdb, но безрезультатно

$ R -d gdb
GNU gdb 6.3.50-20050815 (Apple version gdb-1708) (Thu Nov  3 21:59:02 UTC 2011)
Copyright 2004 Free Software Foundation, Inc.
GDB is free software, covered by the GNU General Public License, and you are
welcome to change it and/or distribute copies of it under certain conditions.
Type "show copying" to see the conditions.
There is absolutely no warranty for GDB.  Type "show warranty" for details.
This GDB was configured as "x86_64-apple-darwin"...Reading symbols for shared libraries ...
(gdb) start CMD install mypkg
<-gdb intro ->
Breakpoint 1 at 0x100000ef4: file Rmain.c, line 30.
Starting program: /opt/local/lib/R/bin/exec/x86_64/R CMD install mypkg
Breakpoint 1, main (ac=4, av=0x7fff5fbff9a8) at Rmain.c:30
30      R_running_as_main_program = 1;
(gdb) c
Continuing.
ARGUMENT 'CMD' __ignored__

ARGUMENT 'install' __ignored__

ARGUMENT 'mypkg' __ignored__

Reading symbols for shared libraries . done

R version 2.14.1 (2011-12-22)
Copyright (C) 2011 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0
Platform: x86_64-apple-darwin11.0.0/x86_64 (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

Reading symbols for shared libraries . done
Reading symbols for shared libraries . done
> 

Аналогично, R -d gdb CMD install mypkg и R CMD install mypkg -d gdb также не работают. Мои вопросы:

1. Как запустить установку R CMD под GDB?
2. Есть ли другой способ отладки этой ошибки, кроме как в gdb?

Answer 1

Ошибка не возникает в самом INSTALL, она возникает при загрузке вашего пакета, поэтому вы можете просто запустить

R CMD INSTALL --no-test-load mypkg
R -d gdb
> library(mypkg)

Что касается отладки, другой полезный инструмент для решения проблем с памятью - valgrind.

Но учтите, что ваш пакет грязный, поэтому вам следует почистить его и использовать вместо него R CMD build mypkg && R CMD INSTALL --no-test-load mypkg_x.y.tar.gz.

Answer 2

Хотя проблема заключалась не в установке, а скорее в запуске или нагрузочном тестировании пакета, на что указывал @Simon, я подумал, что мог бы поделиться способом установки в то время как в gdb, отвечая на мой первый вопрос,

1. Как запустить установку R CMD под GDB?

Сначала просто соберите пакет, введя R CMD build mypkg для формирования mypkg_x.y.tar.gz, а затем выполните

R -d gdb
>install.packages('path\to\package\mypkg_x.y.tar.gz')