Нет ничего похожего на Bootstrap.groovy для стандартных приложений Groovy, но это не мешает вам делать то же самое в своем приложении и иметь класс или метод, который вызывается один раз при запуске, где вы можете добавить инициализацию метакласса
Добавлено из комментариев ниже :
Вы можете написать DelegatingMetaClass для каждого класса, который вы хотите украсить, и поместить его в пакет groovy.runtime.metaclass.[YOURPACKAGE].[YOURCLASS]MetaClass
Эта страница объясняет шаги, необходимые для этого (2-й элемент на странице)