Я не тестировал его на всех системах, но на Win7, если вы запустите следующее приложение и измените фокус, он будет мигать при вызове Stage.toFront()
public class Blinker extends Application {
@Override
public void start(final Stage stage) throws Exception {
stage.setTitle("i'll blink");
stage.setScene(new Scene(new Group(new Text(25,25,"blink-blink"))));
stage.show();
TimelineBuilder.create().keyFrames(new KeyFrame(Duration.seconds(5), new EventHandler<ActionEvent>() {
@Override
public void handle(ActionEvent t) {
stage.toFront();
}
})).cycleCount(Timeline.INDEFINITE).build().play();
}
public static void main(String[] args) {
launch(args);
}
}