Это похоже на задание для awk или perl.
awk 'BEGIN { FS = OFS = "\t" }
{ split($3, a, ",");
for (i in a) {$3 = a[i]; print} }'
perl -F'\t' -alne 'foreach (split ",", $F[2]) {
$F[2] = $_; print join("\t", @F)
}'
Обе программы основаны на одном и том же алгоритме: разбейте третий столбец на запятые, и итерируйте по компонентам, печатая исходную строку с каждымкомпонент в третьем столбце по очереди.