Можно создавать модули, подобные автомату (такие как ninject), чтобы я мог определить свои отображения из внешней библиотеки и включить их в класс начальной загрузки?
Это именно то, что делает Bootstrapper .Все, что вам нужно сделать, это реализовать IMapCreator, и Bootstrapper найдет и выполнит ваш код отображения во время запуска.