Они должны быть в одном месте для GVim и Vim.
В системах на основе UNIX вы должны поместить все свои плагины и схемы цветов в ~/.vim
.
Если там установлен плагин, он доступен в Vim и Gvim, если оба номера версий соответствуют требованиям плагина.
Я согласен с вашей цитатой: «все», что работает в Vim, будет работать в GVim, но не наоборот. Например, сопоставления могут использовать больше ключей в GVim, чем в Vim. Модальные окна возможны в GVim, но не в Vim. Как писал idigas, самые крутые темы GVim не будут работать в Vim, потому что GVim поддерживает тысячи цветов, в то время как лучшие эмуляторы терминала ограничены 256.
Поскольку я использую как GVim, так и Vim, я всегда думаю, что CLI Vim в первую очередь безопасен.