Вам нужно указать тест Selenium на экземпляр вашего приложения, использующего тестовую базу данных.
Я написал отдельную задачу развертывания в моем capistrano deploy.rb, которая развертывает приложение на тестовом сервере, указывает его на тестовую базу данных и загружает специфичные для селена приборы. Selenium рассматривает развернутое приложение как черный ящик, так что вы можете встраивать все это в существующие настройки развертывания.