Вам нужна рекурсивная функция для работы со всеми подпапками подпапок. Вот некоторый псевдокод:
function recursive_rename(current_directory)
for each item in current_directory
if item is a directory
for each subitem in item
recursive_rename(subitem)
rename(item)
Я предполагаю из вашего описания, что вы хотите переименовывать только каталоги, верно? Не нормальные предметы? Если нет, то это будет просто
function recursive_rename(current_directory)
for each item in current_directory
for each subitem in item
recursive_rename(subitem)
rename(item)