Если вы удалили его, а пространство все еще не освобождено, то это означает, что у процесса открыт дескриптор файла.
Попробуйте найти PID процесса, используя, например:
for process in /proc/[0-9]*; do
for fd in $process/fd/*; do
file=$(readlink -f $fd)
if [ "$file" = "/root/dead.letter" ]; then
echo $process
fi
done
done
Тогда убей его / их.