TheVyom предоставил этот ответ в своем собственном вопросе:
Поскольку я не был в магазине ADMIN, внесенные изменения в категорию не отражались.Чтобы это исправить, мне нужно было добавить
require_once '../app/Mage.php';
Mage::app()->setCurrentStore(Mage_Core_Model_App::ADMIN_STORE_ID);