Java EE является абстрактным API. Сервер приложений (например, Glassfish, JBoss AS, Tomcat и т. Д.) Представляет собой конкретную реализацию. Ссылка для загрузки Java EE на oracle.com содержит конкретную справочную реализацию API Java EE, которая называется Glassfish.
Для разработки на основе API Java EE вам просто нужно сослаться на библиотеки сервера приложений в пути к классам времени компиляции (путь сборки, как его называют в большинстве IDE). Я не уверен насчет IntelliJ, но в Eclipse все, что вам нужно сделать, - это интегрировать среду выполнения сервера приложений в конфигурацию сервера IDE, а затем связать веб-проект именно с этим временем выполнения сервера в свойствах проекта.
Вам не нужно явно добавлять его в библиотеку JDK, более того, в будущем это может ухудшить ситуацию, например, потерю переносимости и возможные серьезные проблемы с classpath. См. Также этот связанный (нацеленный на Eclipse) вопрос: Как импортировать API javax.servlet в мой проект Eclipse?