Вы довольно ответили на все вопросы. Это не ошибка, это особенность - строка @ package_version @ является заполнителем, который заменяется при установке пакета через PEAR.
Поскольку вы используете версию, предназначенную для разработки (клон репозитория из GitHub), вы должны быть готовы к таким проблемам.
Если вам нужна определенная версия, установите эту конкретную версию через PEAR.
Я могу подумать о некотором хуке после оформления заказа, который заменит строку хэшем ревизии sha1, но это не очень полезно.
Итак, в одном предложении - так и должно быть.