Нет ничего особенного в запуске команд из скрипта.Вы просто делаете это.
$ mkdir originals
$ echo "weird" > originals/original.txt
$ mkdir copies
$ ln -s ../originals/original.txt copies/copy.txt
$ cat copies/copy.txt
weird
Обратите внимание, что вам не нужно менять рабочий каталог перед созданием относительных ссылок.Символическая ссылка будет относительной относительно ссылки, а не относительно текущего каталога.