Боюсь, что URL для субмодулей всегда просто указывает на репозиторий - вы не можете указать, что вам нужна только подпапка репозитория, точно так же, как git вообще не поддерживает "узкие клоны".
Если вы не можете использовать весь репозиторий в качестве подмодуля, вы всегда можете создать новый репозиторий, клонированный из boto, а затем настроить задание cron на:
git fetch
этот репозиторий в каталог - Используйте
git filter-branch
, чтобы обновить ветку, в которой подкаталог находится на верхнем уровне. - Добавить эту ветвь хранилища как подмодуль.Тем не менее, это все немного странно, и я бы предпочел, чтобы весь хранилище было подмодулем.