При вызове исполняемого файла из PHP, он вызывается с разрешениями пользователя, который PHP запускает как (часто сервер Apache, например).
У этой учетной записи пользователя нет прав на вызов этого исполняемого файла - возможно, потому что он принадлежит другому пользователю и имеет бит «исполняемый» только для этого пользователя или группы.
Это все, что можно сказать наверняка без дополнительной информации.