Вам не нужно перемещать существующие методы из файла classdef: вы можете просто переместить его в папку @ и добавить новые методы в виде отдельных M-файлов.Обратите внимание, что методы, определенные как M-файлы, всегда общедоступны, если только они не находятся в подкаталоге private.
Посмотрите на класс timeseries как пример класса, определенного с использованием файла classdef@-папка.Должно быть в $matlabroot\toolbox\matlab\timeseries\@timeseries.