В вашей схеме может быть поле номера версии, которое вы можете использовать для связывания номера версии с каждой записью. Если оно имеет значение, это предварительная загрузка. Затем для предварительной загрузки просто вставьте новые данные при открытии приложения, а затем проигнорируйте / удалите старые. Кажется достаточно простым.
UPDATE:
Другая альтернатива, которую я считаю, - разделить ваши предварительно загруженные данные в совершенно другое хранилище данных. У меня есть приложение, в котором я делаю это, доставляя свои предварительно загруженные данные через пользовательский файл SQLite и пользовательские данные в хранилище CoreData. Я могу сделать это, потому что мои предварительно загруженные данные доступны только для чтения, что избавляет меня от необходимости копировать файл SQLite в каталог документов. Это означает, что при каждом обновлении новый файл данных автоматически перезаписывает старый в результате установки приложения. Данные пользователя сохраняются в порядке.
Конечно, если ваши предварительно загруженные данные не только для чтения, то нет необходимости писать код. В этом случае я мало что могу для вас сделать, не имея более подробной информации о вашей проблеме.