Изменение разнесенного содержимого, безусловно, быстрее и эффективнее, но одним из соображений является аудит и отслеживаемость. Одним из преимуществ развертывания только файлов WAR и их обработки как «запечатанных» является то, что любые внесенные вами изменения должны регистрироваться в вашей системе управления исходным кодом. Вы, конечно, не хотите, чтобы люди имели возможность изменять то, что они хотят, в конфигурации вашего приложения без какого-либо аудита.
Разделение интересов Java EE обычно означает, что разработчик WAR - это не тот же человек, что и администратор сервера приложений. Если у разработчика нет прямого доступа, это означает, что люди, которые плохо знают приложение, вносят изменения.
Я не защищаю крайнюю ментальность, которая запрещает разработчикам модифицировать взорванную WAR, просто указываю альтернативный взгляд на ваше рассмотрение.