По моему опыту, Flash / Flex почти всегда побеждает в отделе рендеринга графики, за исключением нескольких разных мест, поскольку аппаратное ускорение все еще находится в зачаточном состоянии для Flash. А так как Flash основан на кадрах, он обычно обеспечивает более плавную анимацию и переходы.
.NET почти всегда выигрывает в вычислительных процессах, поскольку имеет многопоточность и более высокую вычислительную мощность. Это действительно зависит от того, что вы пытаетесь сделать. Flash / Flex никогда не предназначался для использования в качестве вычислительного центра, поскольку он не предназначен для этого. Это было сделано, чтобы быть UX-ориентированным инструментом, чтобы помочь пользователям. Тем не менее, если вам действительно нужна сумасшедшая производительность, вы всегда можете перенести ее в собственный процесс (отдельное приложение .NET, которое просто вычисляет вещи), который по-своему подобен наличию потока, поскольку он асинхронный.