Я не знаю ни одного приложения для профилирования, которое поддерживает такие вещи для python, но вы могли бы написать класс Trace, который записывает лог-файлы, в которые вы вводите информацию о том, когда операция начинается, когда она заканчивается и как много времени это заняло.
Это простое и быстрое решение вашей проблемы.