Есть несколько плагинов IntelliJ IDEA для отслеживания времени, но, насколько я вижу, ни один из них не был обновлен для совместимости с PyCharm.
Вы можете попробовать связаться с автором плагина Time Tracker и спросить егообновить его для совместимости с PyCharm: http://plugins.intellij.net/plugin/?idea&id=3806