Если вы управляете хостом, вы можете запустить код перед тем, как делать какую-либо композицию.
Звучит так, будто вы пытаетесь сделать это в расширении, а хост не знает обфускации,хоть.У MEF нет ничего явно подтверждающего это.Вы можете сделать что-то вроде использования настраиваемого атрибута экспорта для всех своих экспортов и поместить код в конструктор атрибута экспорта, который гарантирует загрузку сборки B.Это идет вразрез с тем, что должны делать атрибуты экспорта - они должны просто предоставлять метаданные, а не запускать код, который что-то делает.Тем не менее, это может работать для вас.
Еще одна вещь, которая меня беспокоит, это то, что в качестве расширения вы подключаетесь к AppDomain.AssemblyResolve.Я думаю, что будет использоваться только один обработчик для события, поэтому, если хост или любые другие расширения хотят подключиться к этому поведению, это не будет работать для всех.