Вариант использования, как я понимаю, включает в себя некоторый тип Actor (может быть пользователем или другой системой), принимающий некоторый тип Action, такой как шифрование сообщения (через графический интерфейс пользователя или через Вызов API). Однако, если шифрование является просто стандартным побочным продуктом действий пользователей и в действительности рассматривается только внутри системы, то оно не будет включено в диаграмму вариантов использования.
Конечно, ваша система может состоять из нескольких независимых библиотек, одна из которых выполняет шифрование, и каждая библиотека может иметь набор сценариев использования для своих API, и в этом случае диаграмма сценариев использования библиотеки, вероятно, будет включить шифрование в качестве варианта использования.