Я думаю, что ваш лучший шанс - выполнить RAW-запрос к базе данных.У вас есть все отношения в таблице catalog_product_link и вся информация о продукте в таблице catalog_product_entity:
SELECT cpe1.sku, cpe2.sku FROM catalog_product_link cpl INNER JOIN catalog_product_entity cpe1 ON (cpe1.entity_id = cpl.product_id) INNER JOIN catalog_product_entity cpe2 ON (cpe2.entity_id = cpl.linked_product_id)