Честно говоря, это звучит как плохой CLASSPATH. Одна вещь, которую я предлагаю для начала отладки этой проблемы - это копирование пакета jtds в тот же путь, что и ваши основные пакеты / классы, и посмотрите, работает ли он. Таким образом, вы можете убедиться, что манифест Classpath является или не является проблемой. Spring / Hibernate опирается на каталог lib, поэтому он всегда будет в пути к классам, потому что это его основная структура. Для проверки используйте каталог lib.
Надеюсь, что это руководство поможет. Также отправьте больше информации, например, пути, classpath и файлы манифеста.