Единственный способ, которым Winforms может выяснить, что приложение бездействует, - это когда оно не находит никаких других сообщений в очереди сообщений.Ваша проблема в том, что не Winforms качает цикл сообщений, это MFC.Который ничего не знает о колокольчиках и свистах Винформ.Другие вещи идут не так, обратите внимание, что табуляция и сочетания клавиш больше не работают, также обрабатываются циклом сообщений Winforms.
Чистого решения для этого нет, может быть только один мастер.Очень несовершенные исправления используют Form.ShowDialog () и запускают новый поток STA, чтобы вы могли вызывать Application.Run ().