Использование памяти MySQL, и я предполагаю, что вы имеете в виду на стороне клиента, а не на стороне сервера MySQL, не включено, так как не использует процедуры управления памятью PHP. Из-за этого PHP (и впредь Xdebug) не может показать вам эту информацию.
Что касается вашего другого вопроса, да, трассировка дает точную информацию только для одного запроса. Но имейте в виду, что когда сценарий завершается, некоторая память уже может быть освобождена и, следовательно, не отображается в памяти для {main}. Просто используйте xdebug_peak_memory_usage (), чтобы узнать максимальный объем используемой памяти.