Прежде всего, вы должны опубликовать версию выпуска вашего программного обеспечения, а не версию отладки, поэтому файлы будут немного отличаться.Что касается того, какие файлы публиковать, если вы используете проект установки, вы сможете выбирать файлы в зависимости от потребностей вашего приложения.Например, похоже, что вы включаете файлы базы данных в свое приложение (Database1.mdf и Database1_log.ldf).Вы можете добавить эти файлы в проект установки.
Проект установки будет знать, что нужно включить ваш exe-файл и ваш файл конфигурации (если вы этого не скажете), так что вы будете там покрыты.Вот видео и письменное пошаговое руководство по созданию проекта установки:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms241903.aspx
http://www.youtube.com/watch?v=Lcue0jo41AM
Что касается ваших файлов PDB, то это ПрограммаФайлы базы данных, которые используются для отладки (и никогда не должны передаваться клиенту / конечному пользователю).
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms241903.aspx
Что касается резервного копирования базы данных, выполните резервное копирование файлов MDF и LDF..