В дополнение к настройке Window > Preferences > General > Workspace
для новых файлов, о которых вы уже знаете, есть опция File > Convert Line Delimiters To
.Я не знаю ни одного существующего плагина / инструмента, который будет делать это автоматически при сохранении, но вы, безусловно, могли бы написать его или сделать преобразование, заканчивающееся частью вашего процесса.
ВДля облегчения своей работы вы можете привязать сочетания клавиш к командам преобразования, перейдя на Window > Preferences > General > Keys
и применив фильтрацию к разделителю: ![binding a shortcut to EOL conversion](https://i.stack.imgur.com/jhvIn.png)