Ограничение уникальности для _id относится к коллекции, поэтому да - один и тот же идентификатор может встречаться один раз для коллекции.
Однако очень маловероятно, если не невозможно, чтобы один и тот же идентификатор создавался дважды Поэтому для того, чтобы это произошло, вам нужно будет вручную ввести дубликаты идентификаторов.