Это не должно убивать каких-либо котят, так как для того, чтобы PHP получил следующую строку файла, он должен знать позицию указателя файла с предыдущей строки, которая была удалена. Вы только продвигаете итератор, который поддерживает ссылку на объект файла.
Кроме того, открывать такой файл - плохая практика; у вас должна быть переменная для хранения и закрытия, когда вы закончите.