Это немного «психической отладки», но я много сталкивался с этим в linux и представляю, что у вас может быть та же проблема, что и в OS X. Является ли компилятор, который Monodevelop ищет, точно таким же, как и версия? вы установили? Это может быть что-то столь же простое, как папка, называемая Moonlight1.3 против Moonlight1.3.1. Посмотрите выходные данные сборки и посмотрите, какую версию она ищет, затем просмотрите папку ваших приложений (через терминал папка приложения в искателе может скрыть информацию) и убедитесь, что они совпадают.