Версия скомпилированной сборки контролируется атрибутом AssemblyFileVersion. Вам просто нужно убедиться, что это включено как часть вашего дерева CodeDom при компиляции.
Вы можете установить это, добавив атрибут в член CodeCompileUnit AssemblyCustomAttributes.
CodeCompileUnit unit = CreateMyUnit();
var attribute = new CodeAttributeDeclaration(
new CodeTypeReference(typeof(AssemblyFileVersionAttribute)));
attribute.Arguments.Add(
new CodeAttributeArgument(
new CodePrimitiveExpression("1.1.1.1")));
unit.AssemblyCustomAttributes.Add(attribute);