Я считаю, что вы ищете флаг -f :
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
См. http://httpd.apache.org/docs/current/mod/mod_rewrite.html
Если вы ищете толькопри запрещении кому-либо получать список файлов , которые у вас есть в папке, вы можете вместо этого рассмотреть возможность добавления:
Options -Indexes
Это скажет apache не отображать список каталогов, если нет страницы индексаприсутствует в данном каталоге.
См. http://httpd.apache.org/docs/2.2/mod/core.html#options
Последнее, на что следует обратить внимание, если вы не знакомы с тем, как работает .htaccess, apache сканирует текущую папку и любые ее родительские элементы.папки - у вас должно быть все в порядке с добавлением только одного файла .htaccess в корневой каталог вашего веб-сайта для http://site.com. Это было рассмотрено в другом вопросе здесь .