Вы можете взглянуть на следующую статью на MSDN. Или, если вы хотите создать экземпляр какого-либо типа внутри другого AppDomain (при условии, что этот тип имеет конструктор по умолчанию):
var domain = AppDomain.CreateDomain("NewAppDomain");
var path = @"C:\work\SomeAssembly.dll";
var t = typeof(SomeType);
var instance = (SomeType)domain.CreateInstanceFromAndUnwrap(path, t.FullName);
Переменная instance
, возвращенная с помощью этого метода, живет в только что созданном вами домене приложения, и вы готовы манипулировать им.