Это, вероятно, то, что вы ищете:
import java.util.regex.Pattern;
import java.util.regex.Matcher;
public class MatcherDemo {
private static final String REGEX = "[A-Z]+";
private static final String INPUT = "a:[AAAA|0.1;BBBBBBB|-1.90824;CC|0.0]";
public static void main(String[] args) {
Pattern p = Pattern.compile(REGEX);
// get a matcher object
Matcher m = p.matcher(INPUT);
List<String> sequences = new Vector<String>();
while(m.find()) {
sequences.add(INPUT.substring(m.start(), m.end()));
}
}
}