Это происходит потому, что когда UpdatePanel обновляется, он удаляет все существующее содержимое (элементы управления) и воссоздает их из HTML, отправленного сервером. Управляющие значения включены в обновление, но такие вещи, как положение прокрутки, не включены. Единственное решение, которое я могу придумать, - использовать javascript для записи позиции прокрутки перед обратной передачей, а затем восстановить ее после завершения обновления панели обновления.