Попробуйте это
private void Application_Startup(object sender, StartupEventArgs e)
{
var w1 = new Window();
var w2 = new Window();
w1.ShowDialog();
w2.ShowDialog();
}
Вставить комментарий формы:
Я думаю, что когда вы закрываете первое окно, приложение проверяет, есть ли другие окна, и не находит их (поэтому приложениезакрывается), так как второе окно не было создано