Вы должны иметь src.zip в папке установки JDK. Переустановите JDK, если необходимо. Там, кстати, нет средств JAR. Перейдите на страницу Java SE и нажмите крайнюю левую из четырех больших кнопок, чтобы получить JDK. Кстати, если у вас уже установлен JDK и вы впервые запускаете Eclipse 3.6, он должен автоматически включить источник. В любом случае, этот урок может оказаться полезным для возобновления очистки. Вы можете просто пропустить часть JSF, если это вас не интересует.
Для API Java EE вы должны получить исходный код контейнера. Вы, вероятно, используете Tomcat, поскольку Eclipse автоматически распознает исходный код Glassfish. В случае Tomcat вам нужно будет загрузить его отдельно с домашней страницы Tomcat (это Распределение исходного кода в самом низу страницы). Это ZIP-файл. Просто откройте случайный класс Java EE, например, HttpServlet
, нажмите кнопку Source и укажите ZIP-файл.