from django.db.models import F
User.objects.filter(node__pk=node.pk, project=F('node__project'))
Что должно работать.Не проверял это.Если нет, вы также можете попробовать это:
User.objects.filter(node__pk=node.pk, project__node__pk=node.pk)
Предполагая, что они оба работают, вы можете попробовать оба в чем-то вроде django-debug-toolbar 'debugsqlshell
команда управления, чтобы увидеть, какой запрос производит каждый, а какой может быть более эффективным.